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Oficina del Gobernador
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- Secretaría General de Gobierno
- Secretaría de Hacienda
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- Secretaría del Trabajo
- Secretaría para el Desarrollo y Empoderamiento de las Mujeres
- Secretaría de Infraestructura
- Secretaría de Medio Ambiente, Vivienda e Historia Natural
- Secretaría de Economía
- Secretaría de Desarrollo y Participación Social
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- Secretaría de Pesca y Acuacultura
- Secretaría de Pueblos Indios
- Secretaría de Salud
- Secretaría de Educación
- Secretaría de Seguridad y Protección Ciudadana
- Secretaría de Transportes
- Secretaría para el Desarrollo de la Frontera Sur y Enlace para la Cooperación Internacional
- Instituto de la Consejería Jurídica y de Asistencia Legal
- Instituto de Población y Ciudades Rurales
Órganos desconcentrados
- Coordinación Ejecutiva del Fondo de Fomento Económico Chiapas Solidario (FOFOE)
- Banchiapas
- Instituto de Profesionalización del Servidor Público
- Contraloría Social
- Junta Local de Conciliación y Arbitraje
- Instituto Estatal de la Juventud
- Coordinación de Confianza Agropecuaria
- Comisión Forestal Sustentable del Estado de Chiapas
- Instituto para la Reconversión Productiva y la Agricultura Tropical
- Instituto de Protección Social y Beneficencia Pública del Estado de Chiapas
- Instituto de Estudios de Postgrado
- Instituto Estatal de Evaluación e Innovación Educativa
- Instituto del Deporte
- Coordinación de Transportes Aéreos
- Instituto de Medicina Preventiva
Organismos públicos descentralizados sectorizados
- Promotora de Vivienda Chiapas
- Comisión de Energías y Biocombustibles del Estado de Chiapas
- Instituto de Capacitación y Vinculación Tecnológica del Estado de Chiapas
- Instituto Estatal del Agua
- Instituto Marca Chiapas
- Sistema para el Desarrollo Integral de la Familia del Estado de Chiapas (Sistema DIF Chiapas)
- Comisión para el Desarrollo y Fomento del Café de Chiapas
- Instituto de Salud
- Colegio de Bachilleres de Chiapas
- Consejo de Ciencia y Tecnología del Estado de Chiapas
- CONALEP Chiapas
- Universidad Tecnológica de la Selva
- Colegio de Estudios Científicos y Tecnológicos del Estado de Chiapas
- Instituto de Educación para Adultos
- Instituto Tecnológico Superior de Cintalapa
- Universidad Politécnica de Chiapas
- Universidad Intercultural de Chiapas
- Instituto de la Infraestructura Física Educativa del Estado de Chiapas
- Instituto de Protección Civil para el Manejo Integral de Riesgos de Desastres del Estado de Chiapas
- Centro Único de Capacitación Policíaca de Investigación y Preventiva del Estado de Chiapas
- Centro Estatal de Control de Confianza Certificado del Estado de Chiapas
- Sociedad Operadora del Aeropuerto Internacional “Ángel Albino Corzo”
- Sistema Chiapaneco de Radio, Televisión y Cinematografía
- Sistema de Transportes Urbanos de Tuxtla S. A. De C. V.
Organismos públicos descentralizados no sectorizados
- Talleres Gráficos
- Instituto de Seguridad Social de los Trabajadores del Estado de Chiapas
- Consejo Estatal para las Culturas y las Artes de Chiapas
- Comisión Estatal de Conciliación y Arbitraje Médico del Estado de Chiapas
- Instituto de Acceso a la Información Pública de la Administración Pública Estatal
- Consejo Estatal de Seguridad Pública
Organismos Auxiliares del Ejecutivo
Listado actualizado al mes de enero de 2010, con base a los Periódicos Oficiales Nos. 204, 206 2a Sección y 207 2a Sección, de fechas 16, 23 y 30 de diciembre de 2009.
